PET-MR儀不同于PET-CT儀，主要是CT與MR的不同。雖然CT可以直接觀察腫瘤的部位、大小、數(shù)目、形態(tài)、腫瘤內(nèi)出血、壞死、囊變和鈣化及腫瘤周嗣水腫的情況，腫瘤與正常組織密度差異較小時還可以通過注射對比劑后掃描使腫瘤信號發(fā)生強化，從而提高腫瘤的檢出率，并可根據(jù)腫瘤的形態(tài)、部位以及強化特點推斷腫瘤的可能類型和性質(zhì)，為手術提供可靠地依據(jù)，但是相對于CT，MR有更好的軟組織對比度，能夠清晰顯示腦部、腹部器官和肌肉骨骼系統(tǒng)，而且，一般不需要注射對比劑就可以得到清晰的圖像，不用擔心造影劑對所研究組織產(chǎn)生的不良反應。
對于PET-CT，要達到顯像所需分辨率和顯像的對比程度，人類或者實驗動物都必須接受CT必要的輻射劑量，這樣在很大程度上會影響自身的免疫系統(tǒng)，增加腫瘤發(fā)生的危險。與CT不同，PET-MR中的MR對人和動物沒有輻射損傷。PET-CT系統(tǒng)只是PET和CT硬件系統(tǒng)之間的融合，不能采集到同時顯像的數(shù)據(jù)，這樣就很可能使圖像失真；而PET和MR并不是簡單的硬件系統(tǒng)的融合，而是兩個系統(tǒng)軟件之間的融合，所以圖像的獲得可以達到同時性，使PET．MR的配準更加準確。MRI有著非常靈活的掃描技術和多功能成像技術，包括磁共振血管造影、彌散加權成像、MRS、灌注成像、血氧飽和水平監(jiān)測、腦功能成像等，這些技術與PET結合，就可以得到更多的組合方式，可以有效檢測各種腫瘤的分期和進展速度，尤其是與血流相關的腦部腫瘤顯像13矗101，提高臨床的診斷價值。例如，將-H．MRS與-8F—FDG結合起來，可以更好的判定膠質(zhì)瘤的臨床分期分級。
PET-MR設備不僅是同機硬件系統(tǒng)之間的融合，也是將解剖、功能、代謝與多參數(shù)序列軟件系統(tǒng)之間的融合，所以在不遠的將來，PET-MR系統(tǒng)會成為最有前景的影像學技術。
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